Tính đến nay, ngôi chùa Vạn Niên đã trải qua quãng thời gian hơn 1.000 năm lịch sử với nhiều lần trùng tu tôn tạo. Tuy vậy, chùa vẫn giữ được nét đẹp cổ kính và độc đáo về văn hóa kiến trúc xen giữa lòng thủ đô hiện đại và phát triển. Lần trùng tu lớn nhất của chùa là vào khoảng thế kỷ 19 dưới thời nhà Nguyễn. Do đó đến nay, chùa vẫn giữ nét đặc trưng phong cách chùa chiền thời Nguyễn với hạng mục chính như: Cổng Tam quan, khu chùa chính (đền Mẫu), nhà Tăng và nhà phụ.