BV E Trung ương vừa thành lập mới một số khoa, phòng chức năng như: Khoa Nhi tổng hợp, Khoa Phẫu thuật thần kinh, Phòng Tiêm chủng, Phòng Công tác xã hội, Phòng Nghiên cứu khoa học – Truyền thông – Quan hệ quốc tế.