Viêm nội tâm mạc thường do nhiễm trùng. Vi khuẩn, nấm hoặc vi trùng khác từ niêm mạc các bộ phận khác của cơ thể (chẳng hạn như miệng), lây lan qua đường máu và bám vào các khu vực tại buồng tim và van tim.