Tại các cuộc họp năm 2008 và 2009, ông Thăng chủ trì kết luận "từ nay đến năm 2010, đối với các công trình chuyên ngành đặc thù và các công trình có yêu cầu đặc biệt trong ngành dầu khí được ưu tiên giao thầu cho PVC".
Ngày 19/11, Viện Kiểm sát nhân dân (KSND) tối cao đã ban hành cáo trạng vụ án "Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng" và "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" xảy ra tại Công ty CP Hóa dầu và nhiên liệu sinh học dầu khí (PVB).
Theo đó, Viện KSND tối cao truy tố ông Đinh La Thăng (nguyên Chủ tịch HĐQT Tập đoàn dầu khí Việt Nam - PVN), Trịnh Xuân Thanh (nguyên Chủ tịch HĐQT Tổng công ty Cổ phần xây lắp Dầu khí - PVC), và Trần Thị Bình, nguyên Phó Tổng Giám đốc PVN, cùng 9 bị can khác.
Theo cáo trạng, ngày 17/ 7/2007, HĐQT PVN có nghị quyết giao Tổng Giám đốc PVN xây dựng đề án đầu tư xây dựng nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu ở phía Bắc.
Tháng 9/2007, ông Đinh La Thăng, Chủ tịch HĐQT PVN, đã ký nghị quyết "chấp thuận chủ trương đầu tư nhà máy sản xuất ethanol khu vực phía Bắc" với phương thức thực hiện thành lập công ty cổ phần làm chủ đầu tư dự án.
Tháng 9/2008, PVB có quyết định phê duyệt hồ sơ mời sơ tuyển gói thầu TK05 xây dựng nhà máy sản xuất Ethanol nhiên liệu để sơ tuyển lựa chọn nhà thầu.
Sau đó, ông Trịnh Xuân Thanh đã ký văn bản gửi PVB đề nghị hạ một số tiêu chí đánh giá về năng lực kỹ thuật, năng lực tài chính, kinh nghiệm nhà thầu nhưng không được chấp thuận. Tiếp đó PVC, đã thành lập liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T để nộp hồ sơ dự tuyển gói thầu này.
Tại thời điểm đóng sơ tuyển, có 6 bộ hồ sơ của các nhà thầu tham gia ứng tuyển, nhưng kết quả chấm sơ tuyển thì cả 6 nhà thầu đều chưa đạt đủ các tiêu chí. Trong đó có liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T.
Mặc dù biết PVC chưa từng thực hiện dự án nào về lĩnh vực Ethanol, nhưng từ trước khi PVB triển khai lựa chọn nhà thầu, ông Đinh La Thăng đã chủ trì nhiều cuộc họp để định hướng việc giao thầu cho PVC theo như đề nghị của ông Trịnh Xuân Thanh.
Tại các cuộc họp năm 2008 và 2009, ông Đinh La Thăng chủ trì kết luận "từ nay đến năm 2010, đối với các công trình chuyên ngành đặc thù và các công trình có yêu cầu đặc biệt trong ngành dầu khí được ưu tiên giao thầu cho PVC".
Trên cơ sở chỉ đạo của ông Thăng, ông Trịnh Xuân Thanh đã ký công văn gửi PVB xin được chỉ định thực hiện dự án Ethanol Phú Thọ.
Do chưa có ý kiến chỉ đạo của PVN nên PVB không đồng ý chỉ định thầu mà vẫn tổ chức đấu thầu quốc tế rộng rãi.
Trịnh Xuân Thanh đã quyết liệt chỉ đạo thuộc cấp gửi văn bản đề nghị PVN và PVB xin chỉ định thực hiện dự án. Nhận được công văn này, ông Thăng đã có bút phê chỉ đạo cấp dưới giải quyết theo chủ trương chung của tập đoàn.
Thực hiện chỉ đạo của ông Thăng, PVB đã không tổ chức đấu thầu theo kế hoạch mà lập hồ sơ để chỉ định thầu cho PVC/Alfa Laval/Delta-T.
Cáo trạng nêu rõ, trong quá trình thực hiện, PVB tiếp tục thẩm tra và đánh giá liên danh này không đạt rất nhiều tiêu chí để thực hiện dự án. Tuy nhiên, ông Đinh La Thăng vẫn tiếp tục chỉ đạo việc đồng ý chủ trương giao cho liên danh của PVC thi công gói thầu.
Trong quá trình thực hiện gói thầu, do liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực nên dự án nhà máy Ethanol Phú Thọ liên tục bị chậm tiến độ. Sau đó, PVC cũng đã báo cáo thừa nhận liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực để thực hiện dự án.
Đến tháng 3/2013, PVC đã đơn phương dừng thi công dự án và chưa có hạng mục nào hoàn thành.
Tính đến ngày khởi tố vụ án, chủ đầu tư đã sử dụng gần 1.500 tỷ đồng để thực hiện dự án xây dựng Nhà máy sản xuất Ethanol và các dự án thành phần, trong đó PVB đã vay ngân hàng tổng số tiền 754 tỷ đồng để thực hiện dự án.
Toàn bộ số tiền lãi phát sinh mà PVB đã trả và số tiền còn nghĩa vụ phải trả cho các ngân hàng từ khi dự án dừng thi công đến ngày khởi tố là 543 tỷ đồng.