Tư cách học giả của Lê Quý Đôn (1726 - 1784) từ lâu đã là điều nằm ngoài mọi sự hoài nghi. Chúng ta đều biết triều Nguyễn vốn dĩ rất không khách quan trong việc đánh giá các gương mặt tiêu biểu của những triều đại cận kề trước mình. Trong Việt sử Thông giám Cương mục do Quốc Sử quán triều Nguyễn biên soạn, khi viết về học vấn của Lê Quý Đôn thì hầu như không ghi chép gì ngoài độc một lời bình tương truyền là của vua Tự Đức: “chỉ có tiếng mà không có thực”.
Tuy nhiên, trong Đại Nam nhất thống chí, cũng do Quốc Sử quán triều Nguyễn biên soạn, khi nói về Lê Qúy Đôn như một nhân vật nổi bật của triều Lê, đã phải buông lời chiêu tuyết: “Ông là người thông minh tuyệt thế, đọc rộng các sách, trước thuật rất nhiều…”
Thực ra, không chỉ là một nhà khoa học lớn của đất Việt, Lê Qúy Đôn còn là một nhà chính trị lỗi lạc, có nhiều công lao với đất nước với tấm lòng trung quân, ái quốc, thương dân…
Cũng phải nói rằng đã có không ít người từng hiểu lầm về tư cách chính trị gia của Lê Qúy Đôn dưới ảnh hưởng của cái nhìn chủ đạo của Việt sử Thông giám Cương mục, bộ sách có lẽ là cuối cùng của chế độ phong kiến viết về lịch sử nước nhà thời trung cổ. Trong bộ sách này, hành trình làm trọng thần triều đình của Lê Quý Đôn đều được soi mói bằng con mắt xiên. Lê Quý Đôn đã bị các sử gia thời nhà Nguyễn tô vẽ như một điển hình hắc ám trong vai quan lại. Thí dụ, đó không chỉ là việc ăn đút lót mà còn là việc mang của có được nhờ tham nhũng nộp lên trên để xin được thăng chức:
“Ngày 1-9-1771, mùa thu nhật thực. Bổ dụng Lê Quý Đôn làm tả thị lang Bộ Công, quyền giữ chức Đô Ngự sử.
Trước kia Quý Đôn làm Phó Đô ngự sử, thường dùng số bạc đút lót trong khi xét kiện để dâng Chúa Trịnh, bèn được thăng chức Hữu thị lang Bộ Hộ. Đến nay, nhân khi khám xét hạ Thanh Hoá trở về, lại dâng hơn một ngàn lạng bạc đã ăn của đút, nên do chức hữu Thị lang Bộ Hộ thăng lên chức này…” Ngay cả việc Lê Quý Đôn trước khi nhậm chức mới đã trình lên Chúa Trịnh Sâm một bản kế hoạch gồm bốn việc và được chấp nhận cũng đã bị triều Nguyễn nhìn nhận bằng con mắt đen. Bốn việc mà Lê Quý Đôn lại trình bày lên Chúa là:
"- Cống sĩ thi hội trúng được kỳ đệ tam phần nhiều xin lạm sắc nội hoàng gia ơn, nhảy qua tư cách trao chức vượt bậc. Xin xét thực, bắt trở về bậc cũ.
- Hiến sát phó xứ và tham nghị là người có chuyên trách ở một địa phương, thế mà ít lâu nay những bọn cầu may để làm quan phần nhiều không do các quan trong triều đường bảo cử, chỉ lén lút cầu cạnh để được dự vào sự bổ dụng. Xin thu hồi lệnh trước, mà cho các quan trong triều đường bảo cử theo như lệ cũ.
- Đất bãi ở các lộ sai các quan chia nhau đi khám lại.
- Những dân xã ở các lộ, trước đây phụng mệnh được miễn trừ, gần đây vì chép lại sổ sách, rồi sinh ra sự thay đổi thêm bớt gian trá. Xin sai tín thần xét thực để chỉnh đốn lại cho đúng…”
Trịnh Sâm cho những điều trên là phải lẽ cả nên lập tức hạ lệnh thi hành. Gần trăm năm sau, khi thời gian trôi qua chưa nhiều, vua Tự Đức lại nhận xét về việc này với vẻ hằn học: “Chẳng qua cũng chỉ vì nóng ruột muốn nhảy lên quan to mà thôi…”
Việt sử Thông giám Cương mục cũng với vẻ đắc chí tường thuật lại việc Lê Quý Kiệt, con trai Lê Quý Đôn gian lận trong thi cử và bị trừng phạt. Lê Qúy Đôn vì là trọng thần nên được miễn xử trong vụ này. Việt sử Thông giám Cương mục cũng buộc cho Lê Quý Đôn tội xu phụ người trên để đe nẹt kẻ dưới:
“Trước kia, Trịnh Sâm ở Lượng Phủ, Huy Đĩnh rất được Sâm yêu, Quý Đôn lén lút giao kết chặt chẽ, Huy Đĩnh dắt díu Quý Đôn cùng làm việc, Quý Đôn lại càng thân mật với Huy Đĩnh. Phàm những việc dùng để xén bớt ức chế nội điện, không việc gì không làm, nên người ta đều sợ khí thế quyền lực của Quý Đôn. Chế độ hồi đầu triều Lê: hàng tháng, ngày mồng một và ngày rằm, cử hành lễ thường triều, trăm quan chiếu theo ban thứ vào chầu bái yết. Từ khi Trịnh Sâm chuyên giữ quyền chính trong nước, hạ lệnh cho phủ liêu và Ngự sử đài, cứ ngày mồng một hàng tháng vào phủ chúa bàn định công việc, gọi là "nhập các". Đến lúc Quý Đôn được vào giữ chính quyền trong phủ chúa, hễ đến ngày mồng một, ngày rằm, các quan văn, võ thường thoái thác có bệnh cáo nghỉ, nên lễ thường triều chỉ có hoàng tử cùng bầy tôi nội điện vào chầu bái yết mà thôi, còn các quan không ai đến cả.
Và tội khiến dân khiếp sợ khi làm lại sổ hộ tịch:
“Trịnh Sâm nhận thấy trong nước đã đi đến thái bình, số hộ khẩu ngày thêm nảy nở, muốn xét thực số đinh để sửa đổi lại ngạch đinh trong sổ, Quý Đôn lại ra sức tán thành. Sâm bèn hạ lệnh các đại thần bàn định phép làm dổ. Sâm nói: "Nhà nước lúc bắt đầu trung hưng, chiếu theo phép cũ, ba năm một lần làm sổ hộ; năm Cảnh Trị, mới lập ra phép bình lệ không tính số đinh tăng lên hay sút đi, phép ấy thi hành hơn 50 năm, phần nhiều sai suyễn; năm Bảo Thái tiếp tục làm sổ cũng chỉ dựa theo ngạch cũ, rồi sau không kế tiếp sửa lại, đến nay lại đã hơn 50 năm rồi. Bây giờ nên cân nhắc phép đời trước, châm chước việc ngày nay, tham khảo mọi mặt định thành điều lệ, xét thực số nhân đinh, sửa đổi lại sổ hộ, cho phép dân được tự liệu lượng nhân khẩu mà chịu số hộ, để cho đủ ngạch trong sổ". Vì thế hạ lệnh cho Nguyễn Nghiễm, Nguyễn Phương Đĩnh và Lê Quý Đôn giữ công việc này. Nhưng Nguyễn Nghiễm và Phương Đĩnh chỉ làm cho đủ chức vị mà thôi, mọi công việc đều do Quý Đôn chủ trương hết. Quý Đôn kê cứu tra xét quá nghiêm khắc, nhân dân đều nghiến răng căm hờn, họ làm thư nặc danh dán ở cửa phủ chúa Trịnh xin bãi bỏ Quý Đôn đi mà dùng Ngũ Phúc, lời lẽ trong thư rất là khích thiết…”
Cũng Việt sử Thông giám Cương mục đã đắc chí tường thuật lại nội dung tờ khải dâng lên Chúa Trịnh Sâm của Lê Thế Toại, tham nghị cũ ở xứ Thanh Hóa, dâng tờ khải:: “Dĩnh Thành Hầu Lê Quý Đôn dụng tâm quanh co, bỉ ổi, mong muốn càn rỡ những điều quá hạn định của mình: nào lập mưu cho con ăn cắp bài văn thi ở trong trường, nào vụng trộm chiếm nơi cấm địa. Ông Mạnh Tử nói: “Quan sát con ngươi của từng người, thì người gian người ngay không thể nào giấu diếm được”. Con ngươi của Lê Quý Đôn lúc nào cũng đưa đẩy lia lịa, nếu dùng người này vào chức cao cả tất nhiên làm tai hại cho nhân dân…” Chúa Trịnh Sâm có lẽ cũng hiểu được ác ý của người dân tờ khải nên đã không trả lời. Còn gần trăm năm sau vua Tự Đức lại phán một câu đầy võ đoán và rất phũ phàng: “Xét hành trạng của Lê Qúy Đôn không một điều gì đáng khen!”
Sự thật không như sử quan triều Nguyễn muốn dựng lên. Ngô Thì Sĩ (1726-1780), người gần như đồng thời với Lê Quý Đôn, trong lời bạt cho tập “Phủ biên tạp lục” đã cho rằng, nếu chỉ nói Lê Qúy Đôn “là người tài cao học rộng” thì “chỉ là biết ông “một cách nông nổi mà thôi”, “còn cần gì phải tán thán cho thừa nhời”.
Ngô Thì Sĩ cho rằng tài kinh bang tế thế của Lê Quý Đôn mới là điều cần phải được nhìn nhận đúng: “Vừa rồi Tướng công dự vào chính phủ, muu mô kế hoạch đều chu đáo, việc binh, việc dân và việc kinh tế, đổi cũ thay mới, giải quyết được hết thảy mọi sự khó khăn. Đó mới là cái tài hơn nguời và đại lượng bao hàm, tính tình thu sướng, không có một mảy may gì hệ lụy ở trong bụng, khắp mọi nguời dù tốt, dù xấu đều đuợc bao dung, ấy đó lại là cái đức độ hơn nguời vậy. Còn như sự trước, thuật, ký tại chỉ là một chút tinh hoa thừa thải của Tướng công mà thôi. Cái thủ đoạn giúp nước giúp dân mà căn cứ vào công phu giấy mực, sao đủ dò biết được đến nơi đến chốn vậy du!..” Cuộc đời làm quan của Lê Quý Đôn không bằng phẳng không phải do ông phạm nhiều lầm lỗi mà vì lý do muôn thuở, trời xanh quen thói: tài năng xuất chúng của ông luôn khiến những kẻ bất tài đố kỵ, vu cáo, hãm hại…
Trong bài văn bia viết về ông, Phạm Chi Hương, một người cháu ngoại của ông, từng giữ chức Hữu Tham chi Bộ Công dưới triều nhà Nguyễn, đã nhấn mạnh: “Từ thi Hương đến thi Đình, ông đều đỗ thứ nhất, nỏi tiếng văn chương đương thời. Khi làm quan cũng nổi tiếng là người có mưu lược…” Phạm Chi Hương cho rằng, Lê Quý Đôn viết nhiều sách là để ghi lại những ý tưởng nhập thế của ông, không thực hiện được vì bị bọn đố ky ngăn trở…
Khi đánh giá về ông, danh sĩ triều Nguyễn Phan Huy Chú đã viết trong “Lịch triều hiến chương loại chí”: “Ông tư chất khác người, thông minh hơn người… Bình sinh làm sách rất nhiều, khi bàn về kinh sử thì sâu sắc, rộng rãi; mà nói đến điển cố thì đầy đủ rõ ràng. Cái sở trường của ông vượt hơn cả, nổi tiếng ở trên đời”. Học trò của ông là danh sĩ Bùi Huy Bích đã viết: “Nước ta trong hai trăm năm mới có một người như thầy!”.