Khoảng 7 giờ 20 phút ngày 1-6, khi chiếc tàu hỏa số hiệu YB2 đang lưu thông hướng Yên Bái –Hà Nội, đến vị trí giao cắt với đường ngang ở KM 129+200 thuộc địa bàn xã Lệnh Khanh (huyện Hạ Hòa, tỉnh Phú Thọ) thì xảy ra va chạm với xe tải chở bê tông BKS 19N-2000 đang vượt đường sắt. Cú đâm mạnh khiến đầu máy tàu hỏa văng xuống ruộng, hai toa tàu trật bánh khỏi đường ray.