Để có thể trúng tuyển hệ đào tạo Bác sĩ nội trú của Đại học Y Hà Nội, nhiều bác sĩ đã phải trải qua quá trình sàng lọc khắt khe và học tập hết sức nỗ lực. Dù trong quy chế tuyển sinh có nêu rõ, sau khi hoàn thành chương trình đào tạo, các bác sĩ nội trú sẽ được cấp 3 tấm bằng bao gồm: Bằng bác sĩ nội trú bệnh viện, bằng Chuyên khoa cấp I và bằng Thạc sĩ, tuy nhiên, từ năm 2004 đến năm 2017, Đại học Y Hà Nội chỉ cấp duy nhất một tấm bằng Bác sĩ nội trú cho hàng trăm bác sĩ, gây nên nhiều bức xúc, bất bình…