Những năm gần đây, Kiểm toán nhà nước (KTNN) khu vực XIII cũng là đơn vị phát sinh khá nhiều các văn bản giải trình, kiến nghị, khiếu nại của các địa phương, đơn vị được kiểm toán và các đơn vị có liên quan. KTNN khu vực XIII luôn chủ động nghiên cứu, trả lời kịp thời các văn bản khiếu nại, kiến nghị của các địa phương, đơn vị theo quy định và theo thẩm quyền.