Tỷ trọng vận tải thuỷ nội địa của Hải Phòng mới đạt hơn 5,8% tổng sản lượng vận tải hàng hóa trên địa bàn. Vận tải thuỷ nội địa chưa đóng góp nhiều cho vận tải hàng hoá do nhiều bến thuỷ nội địa quy mô nhỏ, công nghệ xếp dỡ lạc hậu, một số bến thủy nội địa hết thời hạn giấy phép hoạt động do vướng mắc về quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch phát triển tuyến thuỷ nội địa.
