Theo kế hoạch tuyển sinh năm 2021, Trường THPT Chuyên Khoa học Tự nhiên (ĐH Quốc gia Hà Nội) tuyển 540 chỉ tiêu vào lớp 10 các lớp chuyên Toán, Tin, Lý, Hoá, Sinh và Chất lượng cao, mỗi khối lớp 90 em.
Đối tượng tuyển sinh của Trường THPT Chuyên Khoa học Tự nhiên năm nay là học sinh tốt nghiệp THCS năm 2021 trên phạm vi toàn quốc.Thí sinh cần phải đáp ứng điều kiện xếp loại hạnh kiểm, học lực cả năm học của các lớp cấp THCS từ khá trở lên; xếp loại tốt nghiệp THCS từ khá trở lên. Các điều kiện này sẽ được kiểm tra khi thí sinh trúng tuyển nhập học. Trường THPT Chuyên Khoa học Tự nhiên thi lớp 10 vào các ngày 23 – 24/5/2021.