Năm 2015, lực lượng thanh tra của Cục Đường thuỷ nội địa Việt Nam và các cảng vụ đường thuỷ nội địa đã triển khai 159 cuộc kiểm tra, phát hiện và xử phạt 5.050 vụ vi phạm, với số tiền xử phạt hơn 4,2 tỷ đồng.
Cũng trong năm 2015, Cục cũng thực hiện tốt các quy định về việc tiết kiệm trong chi tiêu ngân sách và đầu tư công. Tiết kiệm chi tiêu công 650 triệu đồng, tiết kiệm thông qua đấu thầu các dự án thuộc Cục quản lý hơn 2 tỷ đồng.