Thông tư số 31/2021/TT-BTC thay thế Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế sẽ chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 2/7/2021.
Một nội dung đáng chú ý tại Thông tư số 31 là việc kiểm soát, giám sát trọng điểm đối với người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế. Theo Tổng cục Thuế, quy định này đã kế thừa Điều 20 Thông tư 204 và bổ sung các trường hợp được đánh giá không tuân thủ pháp luật thuế, người nộp thuế thuộc các mức rủi ro cao và người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin hoặc có giải trình, bổ sung thông tin nhưng không đầy đủ theo yêu cầu và thời hạn tại thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế.
Thông tư số 31 quy định 4 trường hợp người nộp thuế thuộc diện giám sát trọng điểm về thuế. Đó là: người nộp thuế thực hiện các giao dịch qua ngân hàng có dấu hiệu đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền có liên quan đến trốn thuế, gian lận thuế; người nộp thuế hoặc người đại diện hợp pháp của người nộp thuế bị khởi tố về các hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ; người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao về thuế thuộc chuyên đề trọng điểm hoặc qua thu thập thông tin từ công tác quản lý của cơ quan Thuế cần giám sát quản lý thuế; người nộp thuế được lựa chọn từ danh sách người nộp thuế thuộc mức không tuân thủ pháp luật thuế, danh sách người nộp thuế thuộc mức rủi ro rất cao, rủi ro cao và người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin hoặc có giải trình, bổ sung thông tin nhưng không đầy đủ theo yêu cầu và thời hạn tại thông báo bằng văn bản của cơ quan Thuế.
Cũng Theo Tổng cục Thuế, Thông tư số 31 đã điều chỉnh nội dung về việc xây dựng và thẩm quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế; danh sách bổ sung, điều chỉnh kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế sẽ theo quy định tại Luật Thanh tra, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành. Bên cạnh đó, bỏ quy định về Danh sách thanh tra yêu cầu đạt tỷ lệ từ 1% đến 2% tổng số doanh nghiệp đang hoạt động; danh sách kiểm tra đạt tỷ lệ từ 15%-18% trên tổng số doanh nghiệp đang hoạt động tại Thông tư 204 vì hiện nay, hàng năm, Bộ Tài chính có quy định tỷ lệ này trong hướng dẫn công tác thanh tra, kiểm tra.
Đối với việc lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch thanh, tra kiểm tại trụ sở của người nộp thuế, cơ quan Thuế phải căn cứ danh sách người nộp thuế phân loại theo các mức rủi ro về hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế. Việc áp dụng quản lý rủi ro trong lựa chọn người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế phải tránh trùng lặp, chồng chéo theo quy định tại Luật Quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan.