Sau một thời gian xem xét đề án của Bộ VHTTDL và UBND tỉnh Sơn La, thay mặt Chính phủ, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam đã ký Quyết định số 687/QĐ-TTg về quy hoạch bảo quản, tu bổ, phục hồi và phát huy giá trị Di tích Quốc gia đặc biệt Nhà tù Sơn La, thành phố Sơn La, tỉnh Sơn La. Kế hoạch được triển khai từ năm 2019 đến năm 2030.
Quyết định số 687/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ nêu rõ: UBND tỉnh Sơn La có trách nhiệm công bố công khai Quy hoạch, tiến hành cắm mốc giới, di dời các hộ dân trong khu vực di tích theo hồ sơ quy hoạch được duyệt. Cập nhật ranh giới diện tích Quy hoạch bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị Di tích quốc gia đặc biệt Nhà tù Sơn La vào Kế hoạch sử dụng đất kỳ cuối (2016 - 2020) của tỉnh. Phạm vi quy hoạch bao gồm khu vực di tích Nhà tù Sơn La, Nghĩa trang liệt sĩ Nhà tù Sơn La và 2 điểm di tích độc lập. Cụ thể: Ranh giới lập quy hoạch khu vực di tích Nhà tù Sơn La, Nghĩa trang liệt sĩ Nhà tù Sơn La được xác định như sau: phía Bắc giáp đường 26 tháng 8; phía Nam giáp đường Điện Biên (quốc lộ 6); phía Tây giáp đường Điện Biên (quốc lộ 6) và khu đồi bao quanh Nghĩa trang liệt sĩ Nhà tù Sơn La; phía Đông giáp đường Tô Hiệu, thành phố Sơn La.
Định hướng quy hoạch di tích khu nhà ngục: Bảo tồn nguyên trạng di tích gốc; giữ lại hệ thống trưng bày tại nhà ngục hiện nay; di chuyển các hạng mục trưng bày, tưởng niệm khác ra khỏi khu nhà ngục (chuyển sang khu trưng bày tập trung bên khu Trại lính khố xanh), phục hồi bối cảnh gốc; bảo tồn hệ thống cây xanh có giá trị, chỉnh trang sân vườn, đường dạo và chiếu sáng cảnh quan. Nghiên cứu, phục dựng lại một số gian phòng giam tù nhân tại những khu vực mới tôn tạo, đến vết tích bờ tường. Đối với các hạng mục dạng phế tích lộ thiên còn lại, tiếp tục nghiên cứu đề xuất giải pháp kỹ thuật bảo tồn tối ưu và hiệu quả. Bổ sung hệ thống bia biển giới thiệu về di tích, định hướng áp dụng công nghệ hiện đại trong giới thiệu di tích. Tiếp tục thực hiện các dự án nghiên cứu khảo cổ, tu bổ, tôn tạo các địa điểm có dấu vết khảo cổ như khu Nhà giám ngục, khu móng xây mở rộng nhà tù giai đoạn 1941.
Ngoài diện tích cũ của khu vực bảo vệ I và II đã được xếp hạng trước đây, diện tích lập quy hoạch sẽ mở rộng thêm để thành 32,3 ha. Quy hoạch sẽ cũng tính đến việc di dời khu trung tâm hành chính của tỉnh Sơn La, di dời các công trình không phải di tích gốc, không phù hợp với cảnh quan lịch sử (chồng lấn lên các vết tích lịch sử hoặc đã xuống cấp...) để quy hoạch các không gian chức năng (tưởng niệm, sinh hoạt lịch sử - văn hóa, trưng bày, diễn giải du lịch...) phát huy giá trị di tích trên cơ sở mô phỏng, phục dựng lại cảnh quan gốc trên đồi Khau Cả. Tổ chức không gian sinh hoạt văn hóa trên cơ sở cải tạo khuôn viên khu vực trụ sở các cơ quan nhà nước tỉnh Sơn La (sẽ được di dời), tạo thành nơi tổ chức các sự kiện văn hóa truyền thống cho cộng đồng, kỷ niệm các sự kiện lịch sử quan trọng.
Theo kế hoạch, việc tiến hành cắm mốc sẽ diễn ra tới năm 2020. Từ 2021 đến 2030 sẽ giải phóng mặt bằng và xây dựng các công trình.