Theo thống kê, hiện khu vực Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) có hơn 1.362 cơ sở SX giống lúa, nhưng hiện tại chỉ có 5/13 tỉnh nắm được số cơ sở SX giống (khoảng 700 cơ sở), số còn lại đang hoạt động trôi nổi không quản lý được chất lượng.
Theo khảo sát của Cục Trồng trọt, ĐBSCL có 546 đơn vị SX giống, trong đó có 64 Cty giống đã đăng ký.
Tuy nhiên, chỉ có 24/64 Cty giống lúa đến Viện Lúa ĐBSCL liên hệ tìm mua giống gốc. Như vậy, phần lớn các cơ sở SX tự nhân giống gốc hoặc lấy giống gốc không đúng quy định.
Có một số Cty sản xuất kinh doanh lúa gạo tự cung cấp giống và bao tiêu sản phẩm không chấp hành Thông tư 46/2015/TT-BNNPTNT về chứng nhận chất lượng và công bố hợp quy.