Thủ tướng Chính phủ yêu cầu UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phân bổ vốn ngân sách trung ương thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới (NTM) năm 2016. Theo đó, có 4 nguyên tắc cụ thể: Vốn ngân sách Trung ương và vốn trái phiếu Chính phủ kế hoạch năm 2016 để hỗ trợ cho các xã theo đúng mục tiêu của chương trình được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Không hỗ trợ vốn ngân sách Trung ương cho các địa phương có điều tiết về ngân sách Trung ương (trừ tỉnh Quảng Ngãi). Các địa phương trên phải bố trí vốn ngân sách địa phương ở mức cao hơn so với các địa phương khác và huy động hợp lý theo quy định của pháp luật các nguồn vốn ngoài ngân sách nhà nước để thực hiện chương trình. Ưu tiên nguồn lực cho các xã đặc biệt khó khăn, xã biên giới, xã an toàn khu; các xã đặc biệt khó khăn vùng bãi ngang ven biển và hải đảo; xã nghèo thuộc các huyện nghèo; xã nghèo thuộc huyện có tỷ lệ nghèo cao được áp dụng cơ chế, chính sách đầu tư cơ sở hạ tầng như các huyện nghèo, trong đó ưu tiên hơn cho các xã mới đạt dưới 5 tiêu chí. Ưu tiên đầu tư phù hợp cho các xã đã đạt trên 15 tiêu chí để phấn đấu hoàn thành mục tiêu xây dựng NTM, chú trọng đầu tư cho các xã chưa hoàn thành các công trình hạ tầng cơ bản.
Về tiêu chí phân bổ, các xã nghèo, đặc biệt khó khăn chia thành 2 mức là các xã đạt dưới 5 tiêu chí: Hệ số 5,0 và các xã còn lại: Hệ số 4,0. Các xã đạt từ 15 tiêu chí trở lên: Hệ số 1,3; các xã không thuộc đối tượng ưu tiên: Hệ số 1,0. Đối với các xã đạt chuẩn nông thôn mới, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương chủ động cân đối ngân sách địa phương và các nguồn vốn hợp pháp khác (kể cả nguồn vốn trái phiếu Chính phủ (nếu có)) để tiếp tục nâng cao chất lượng các tiêu chí đạt chuẩn.