Tại tòa ngày 17/12, đại diện Bộ GTVT được Hội đồng xét xử (HĐXX) cho phép trình bày về các khoản thiệt hại trong quá trình mua quyền thu phí cao tốc TP HCM - Trung Lương, mà trách nhiệm chính xuất phát từ các chỉ đạo, điều hành của cựu Bộ trưởng Đinh La Thăng và cựu Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường.
Bộ GTVT là bị hại trong vụ án, trong đó thiệt hại là số tiền thu phí của Công ty Yên Khánh (đơn vị trúng thầu quyền thu phí cao tốc) trả chậm kéo dài (đang được giải quyết trong một vụ án dân sự khác). Đại diện Bộ GTVT cho biết, đến nay vẫn chưa biết chính xác số tiền thiệt hại nên Bộ này chờ phán quyết của toà. Dù vậy, trong giai đoạn giữ cương vị Bộ trưởng Bộ GTVT, bị cáo Đinh La Thăng đã phủ nhận các sai phạm của mình tại tòa. Đồng thời, bị cáo Thăng cho rằng các cáo buộc trong cáo trạng đối với ông là quy chụp, suy diễn và không đúng diễn biến thực tế, do đó ông không chịu trách nhiệm hình sự về vụ án này và chỉ có trách nhiệm hành chính trong công tác chỉ đạo, điều hành.
Cũng trong phiên xét xử chiều 17/12, các luật sư bào chữa cho bị cáo Đinh Ngọc Hệ (tức Út “Trọc”, nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn - Bộ Quốc phòng) xét hỏi đối với bị cáo Đinh La Thăng về trách nhiệm trong vụ đấu giá quyền thu phí cao tốc TP HCM - Trung Lương. Tuy nhiên, bị cáo Thăng vẫn một mực cho rằng, Công ty Yên Khánh gửi báo cáo tài chính gian dối cho Bộ GTVT để đủ điều kiện đấu giá quyền thu phí là trách nhiệm thuộc về Thứ trưởng được giao theo dõi. Bản thân Bộ trưởng chỉ điều hành hành chính và không nắm cụ thể được hợp đồng kinh tế chi tiết và các văn bản liên quan đối với quá trình đấu giá quyền thu phí cao tốc kể trên.
Về số tiền 725 tỷ đồng thất thoát trong vụ án, Luật sư của bị cáo Đinh La Thăng xét hỏi phía đại diện Bộ Tài chính về quá trình xác định số tiền bán quyền thu phí 2.004 tỷ đồng mà Công ty Yên Khánh (do Út “trọc” thâu tóm) có nghĩa vụ thanh toán đầy đủ cho Bộ GTVT. Đại diện Bộ Tài chính nói đã có văn bản quy định cụ thể về các chỉ tiêu và đều đã được gửi đến Bộ GTVT.
Cũng liên quan đến số tiền này, đại diện Bộ GTVT cho biết, hợp đồng với Công ty Yên Khánh đã ký 5 năm và Bộ GTVT đã thu đủ số tiền hơn 2.004 tỷ đồng theo hợp đồng kể trên. Có điều, do việc Công ty này trả chậm lãi nên đã phát sinh các khoản thiệt hại như đã đề cập kể trên. Bộ GTVT sẽ tôn trọng phán quyết cuối cùng của tòa.