Hiện nay cả nước có 77 trường chuyên (7 hoặc 8 lớp chuyên cho một khối) với khoảng 67.500 em, chiếm 2,7 % học sinh THPT. Hầu hết các các trường chuyên đều mở các lớp cận chuyên cho học sinh không đỗ vào trường chuyên. Số học sinh trường chuyên và cận chuyên (hệ chuyên) nhiều ngang nhau.
Bộ Giáo dục và Đào tạo tuy đã có quy định không mở các lớp chọn ở các trường phổ thông (cấp THPT có thể có lớp chọn) nhưng các địa phương vẫn “sáng tạo, linh hoạt” để “lách” mở các lớp chọn dưới nhiều tên gọi khác nhau. Thực chất các lớp chọn cũng là các lớp cận chuyên, do vẫn tuyển chọn những học sinh có kết quả học tập khá giỏi vào học chung một lớp và tập trung dạy chuyên sâu một môn hay một số môn học. Chỉ tính riêng cấp THPT, tối thiểu mỗi khối thường mở 3 lớp chọn về khoa học tự nhiên, khoa học xã hội và Ngoại ngữ (Anh văn) thì cả nước có khoảng vài ba vạn học sinh theo học hệ cận chuyên tại các trường THPT. Như vậy ước tính cả nước có khoảng trên 10% học sinh bậc THCS, THPT đang học ở hệ chuyên.
Sở dĩ lực lượng học sinh hệ chuyên hùng hậu như vậy, nguyên nhân chính là do chúng ta chưa thay đổi tư duy, vẫn quá coi trọng dạy kiến thức và đánh giá thông qua điểm số cho học sinh. Tức là nhà trường vẫn quan tâm tới dạy chữ với kiến thức theo hướng hàn lâm. Bên cạnh đó là chậm thay đổi cách thức thi tuyển. Có đánh giá năng lực, có trắc nghiệm khách quan đấy nhưng vẫn dựa trên kết quả bài thi tự luận, tức là vẫn đề cao khả năng kiến thức có nhiều hay ít của người học. Học sinh ôn thi theo bộ đề, theo chuẩn, theo bài thi minh họa và tất nhiên dẫn đến “thi thế nào, sẽ học theo thế”.
Giáo dục các nước phát triển chỉ khuyến khích có các lớp hệ chuyên mà không đưa vào là chính sách quốc gia như ở ta. Chính vì vậy, giáo dục đại trà bị ảnh hưởng tiêu cực không nhỏ: Tạo ra sự bất bình đẳng trong các nhà trường về sự đầu tư của nhà nước, về hưởng thụ cơ sở vật chất công và năng lực sư phạm người thầy; Học thêm nở rộ và khó quản lý, có nguyên nhân cả nước quá coi trọng hệ chuyên; Cản trở và đã là hòn đá tảng trên hành trình đổi mới giáo dục vốn cũng đang rất khó khăn.
Cần sớm chuyển đổi hệ chuyên để vừa phát huy thế mạnh và vừa không bị tác động mặt trái của hệ chuyên tới giáo dục đại trà. Đặc biệt mục tiêu của giáo dục đổi mới không bị cản trở và dạy học được trở về với lối tự nhiên: Thầy trò cùng được bình đẳng trong giáo dục và trong phát triển bản thân.