Dù hợp tác giữa TP Hồ Chí Minh và khu vực Đông Nam bộ đã giúp thúc đẩy nhóm ngành mũi nhọn gồm du lịch, nông nghiệp, công nghệ cao và công nghiệp, thế nhưng hiệu quả liên kết vùng vẫn được đánh giá ở mức trung bình so với tiềm năng cũng như lợi thế kết nối về cơ sở hạ tầng hiện nay.