Vì nhiều lý do, việc phát triển các cụm công nghiệp ở một số địa phương thuộc tỉnh Ninh Bình đang tồn tại hạn chế, bất cập. Thống kê của Sở Công thương tỉnh Ninh Bình cho thấy, đến nay còn 67/80 cụm công nghiệp đang hoạt động nhưng chưa đầu tư hệ thống xử lý nước thải tập trung.