Công tác đầu tư công vẫn còn nhiều bất cập, hạn chế, nhất là trong khâu tổ chức thực hiện từ công tác xây dựng kế hoạch, xác định mục tiêu đầu tư, công tác chuẩn bị đầu tư, phân bổ nguồn lực giải phóng mặt bằng, triển khai thi công và giải ngân.
Phí bảo vệ môi trường trong khai thác khoáng sản được sử dụng để khắc phục những tổn thất môi trường tại nơi có hoạt động khai thác khoáng sản đã và đang diễn ra. Thực tế hiện nay, tại nhiều địa phương, khoản phí này chưa được sử dụng đúng mục đích.