Hệ thống giáo dục ngoài công lập đã chia sẻ với ngành giáo dục các địa phương nhiều bài toán khó như quá tải tuyển sinh đầu cấp, thiếu trường lớp ở những địa bàn đông dân cư, phát triển nóng… Ở khối đại học (ĐH), ngày càng có nhiều học sinh chọn học trường ngoài công lập.