KTNN là cơ quan độc lập, có sự tăng cường phối hợp với các bộ, ngành, địa phương, ngày càng chuyên nghiệp, hiện đại nhằm hướng tới mục tiêu chung nâng cao hiệu quả kiểm tra, tăng cường sự minh bạch của tài chính các đơn vị cũng như nền tài chính quốc gia.