Chùa Bổ Đà được đánh giá là một trong di tích còn giữ nguyên bản nét kiến trúc truyền thống Việt cổ. Chùa có kiến trúc độc đáo và khác biệt so với các ngôi chùa truyền thống ở miền Bắc Việt Nam, đó là lối kiến trúc "nội thông ngoại bế” tạo vẻ u tịch, thanh vắng, linh thiêng.
