Khoản 3 Điều 4 Thông tư 302/2016/TT-BTC (sửa đổi tại Thông tư 65/2020/TT-BTC) hướng dẫn về lệ phí môn bài quy định về mức thu lệ phí môn bài như sau:
Tổ chức, chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh (thuộc trường hợp không được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu thành lập hoặc ra hoạt động sản xuất, kinh doanh) được thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian của 6 tháng đầu năm thì nộp mức lệ phí môn bài cả năm; nếu thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian 6 tháng cuối năm thì nộp 50% mức lệ phí môn bài cả năm.
Doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển đổi từ hộ kinh doanh (bao gồm cả chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) khi hết thời gian được miễn lệ phí môn bài (năm thứ tư kể từ năm thành lập doanh nghiệp): Trường hợp kết thúc trong thời gian 6 tháng đầu năm nộp mức lệ phí môn bài cả năm, trường hợp kết thúc trong thời gian 6 tháng cuối năm nộp 50% mức lệ phí môn bài cả năm.
Người nộp lệ phí môn bài đang hoạt động có văn bản gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc cơ quan đăng ký kinh doanh về việc tạm ngừng hoạt động sản xuất, kinh doanh trong năm dương lịch (từ ngày 01/01 đến ngày 31/12) không phải nộp lệ phí môn bài năm tạm ngừng kinh doanh với điều kiện: văn bản xin tạm ngừng hoạt động sản xuất, kinh doanh gửi cơ quan thuế hoặc cơ quan đăng ký kinh doanh trước thời hạn phải nộp lệ phí theo quy định (ngày 30/01 hàng năm) và chưa nộp lệ phí môn bài của năm xin tạm ngừng hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Trường hợp tạm ngừng hoạt động sản xuất, kinh doanh không đảm bảo điều kiện nêu trên thì nộp mức lệ phí môn bài cả năm.
Như vậy, doanh nghiệp tạm ngừng hoạt động kinh doanh không phải nộp lệ phí môn bài năm, tạm ngừng kinh doanh với điều kiện: văn bản xin tạm ngừng hoạt động sản xuất, kinh doanh gửi cơ quan thuế hoặc cơ quan đăng ký kinh doanh trước thời hạn phải nộp lệ phí theo quy định (ngày 30/01 hàng năm) và chưa nộp lệ phí môn bài của năm xin tạm ngừng hoạt động sản xuất, kinh doanh.