Chính phủ và Bộ xây dựng đã có những quy định và hướng dẫn về việc tổ chức quản lý dự án đầu tư xây dựng, theo đó các địa phương giải thể các Ban QLDA kiêm nhiệm tại các Sở, phòng trong toàn tỉnh để thành lập các Ban QLDA chuyên ngành. Ninh Bình cũng đã thực hiện tổ chức lại công tác quản lý dự án theo hướng dẫn tuy nhiên không hiểu vì lý do gì hiện nay, một số dự án lớn vẫn chưa về đến Ban chuyên trách, vẫn được giao cho các Sở.
