Dù được khai thác với quy mô lớn song đóng góp ngân sách từ ngành khoáng sản lại rất hạn chế. Ở một số địa phương như Phú Yên, số thu thuế tài nguyên từ khai thác khoáng sản chỉ đạt khoảng 4 - 5 tỷ đồng dù số lượng giấy phép còn hiệu lực của tỉnh này còn đến 200 giấy phép. Số thu này không đủ bù chi phí quản lý nhà nước về hoạt động khoáng sản.
