Chương trình giám sát và phản biện xã hội (GS-PBXH) vẫn còn gặp nhiều khó khăn, hạn chế dẫn đến chưa thể phát huy tối đa hiệu quả so với mục tiêu đã đề ra. Ở nhiều địa phương còn tồn tại tâm lý ngại chỉ thẳng, nói thẳng; năng lực của cán bộ giám sát chưa đáp ứng được thực tế. Thêm vào đó là cơ chế, các chế tài hoạt động có đôi khi vẫn chưa thông suốt.