Ngoài ra Nghị định cũng quy định cụ thể biểu khung mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác quặng khoáng sản kim loại, từ 10.000 đồng – 27.000 đồng/tấn; khoáng sản không kim loại từ 1.000 đồng đến 90.000 đồng/m3 hoặc tấn. Mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của loại khoáng sản tương ứng.