Nơi đây lưu giữ nhiều minh chứng, lịch sử về sự hình thành và phát triển của thương cảng Phố Hiến xưa. Chùa Hiến có phong cách kiến trúc thời Hậu Lê Tam quan của chùa được xây chồng diêm hai tầng tám mái. Ba gian thượng điện xây kiểu kiến trúc giá chiêng chồng rường hai hàng chân cột. Trung tâm của thượng điện xây theo lối chồng diêm.

Giữa thượng điện là tượng Quan Âm Nam Hải ở thế ngồi, có tám đôi tay, bố trí đăng đối. Đầu tượng đội mũ chạm hoa cúc, sen, phù dung. Phía trước là tượng tứ vị bồ tát ngồi trên tòa sen, khuôn mặt đầy đặn, trang nghiêm. Các pho tượng này đều có niên đại thế kỷ 19. Việc thượng điện đặt ban thờ nổi bật tượng Quan âm cùng tứ vị bồ tát thể hiện tâm lý sùng bái vị thần có nhiều phép cứu giúp chúng sinh trên sông, biển.

Đây là đặc điểm khác biệt trong bố cục thờ tự của chùa Hiến so với các nơi khác, nơi nhiều thương nhân trong và ngoài nước đến sinh sống, buôn bán. Tại chùa Hiến hiện vẫn đang còn hai tấm bia đá vô cùng quý lưu giữ các tư liệu về lịch sử, quá trình tụ cư của phố Hiến ngày xưa. Tấm bia được dựng từ năm 1625 ghi nhận “Phố Hiến là nơi đô hội tiểu Tràng An của bốn phương”.

Đây là căn cứ để các nhà nghiên cứu khẳng định sự ra đời của Phố Hiến. Tấm bia còn lại dựng vào năm 1709, ghi lại Phố Hiến lúc bấy giờ đã có 10 phường. Chùa Hiến còn nổi tiếng có cây nhãn Tổ đã gần 400 năm tuổi, nằm phía trước cửa chùa. Mỗi mùa quả chín, nhãn thường được chọn hái để dâng đức Phật, cúng thần thành hoàng và để tiến vua.

Thân cây chính đã già cỗi, đã đổ chỉ còn một nhánh, được đắp vun gốc, chăm sóc phát triển thành cây “hậu duệ”, hiện diện như một biểu tượng của giống nhãn đặc sản Phố Hiến - Hưng Yên.

Năm 1992, Chùa Hiến ở Hưng Yên đã được xếp hạng là Di tích lịch sử văn hóa quốc gia. Đến năm 2012, Chùa Hiến được xác lập kỷ lục là ngôi chùa có cây nhãn tổ đầu tiên ở Việt Nam.

Hàng năm cứ vào ngày 10 tháng 3 tại chùa Hiến Hưng Yên diễn ra lễ hội truyền thống thu hút nhân dân địa phương và du khách phương xa về tham gia.