Bước đầu, Cơ quan điều tra xác định ông Trần Hùng - kiểm soát viên chính, nguyên Tổ trưởng Tổ 304 (nay là Tổ 1444), Tổng cục Quản lý thị trường, Bộ Công Thương bị bắt do “bao che”, không chỉ đạo giải quyết vụ sản xuất, buôn bán sách giả xảy ra tại Công ty cổ phần In và Văn hóa Truyền thông Hà Nội và Công ty TNHH Sản xuất và Thương mại Phú Hưng Phát.
Trước đó, ngày 18/6, Cục Cảnh sát Kinh tế, Bộ Công an phối hợp với các đơn vị nghiệp vụ kiểm tra Công ty In, văn hóa truyền thông Hà Nội và Công ty TNHH Phú Hưng Phát, phát hiện 19 xưởng in, gia công và 15 kho hàng và nhiều dây chuyền, máy móc phục vụ sản xuất sách giả.
Đến ngày 23/6, Bộ Công an khởi tố, tạm giam 7 bị can về tội “sản xuất, buôn bán hàng giả” gồm Cao Thị Minh Thuận (Giám đốc Công ty TNHH Thương mại và Sản xuất Phú Hưng Phát); Hoàng Mạnh Chiến (Giám đốc Công ty CP In và Văn hóa truyền thông Hà Nội); Nguyễn Mạnh Hà (Phó Giám đốc Công ty CP In và Văn hóa truyền thông Hà Nội); Hoàng Thị Ánh Vân (Kế toán trưởng Công ty CP In và Văn hóa truyền thông Hà Nội); Nguyễn Đức Khương (Chủ xưởng gia công sách Công ty CP In và Văn hóa truyền thông Hà Nội); Đỗ Đức Thắng (nhân viên thiết kế đồ họa Công ty CP In và Văn hóa truyền thông Hà Nội) và Nguyễn Hữu Trung (nhân viên Công ty TNHH Thương mại và Sản xuất Phú Hưng Phát).
Mở rộng điều tra, Cơ quan điều tra xác định một số cán bộ Quản lý thị trường Hà Nội đã phát hiện ra đường dây sản xuất, tiêu thụ sách giáo khoa giả này nhưng đều bỏ qua, không xử lý.
Cụ thể, ngày 9/7/2020 Đội Quản lý thị trường (QLTT) số 17 thuộc Cục QLTT Hà Nội chủ trì, phối hợp với Tổng cục QLTT, Đội QLTT số 15 và NXB Giáo dục Việt Nam tiến hành kiểm tra kho sách của Công ty TNHH Sản xuất và thương mại Phú Hưng Phát tại số 87 Ngõ 1141 Giải Phóng, quận Hoàng Mai, TP Hà Nội.
Thời điểm kiểm tra, Đoàn kiểm tra đã phát hiện 27.360 quyển sách giáo khoa giả. Thế nhưng, các cán bộ QLTT đã không báo cáo tới Cơ quan điều tra có thẩm quyền mà tự ý xử lý vụ việc.
Do đó, Cơ quan điều tra đã khởi tố 3 bị can gồm: Lê Việt Phương (nguyên Phó Đội trưởng Đội Quản lý thị trường số 17, nay là Đội trưởng Đội Quản lý thị trường số 14); Phạm Ngọc Hải và Thành Thị Đông Phương, nguyên kiểm soát viên Đội Quản lý thị trường số 17, nay là kiểm soát viên Đội Quản lý thị trường số 14, Cục Quản lý thị trường Hà Nội.
Cơ quan điều tra cũng đã khởi tố bị can đối với Nguyễn Duy Hải tội “môi giới hối lộ”. Đồng thời, Bộ Công an khởi tố bị can đối với ông Trần Hùng - kiểm soát viên chính, nguyên Tổ trưởng Tổ 304 (nay là Tổ 1444), Tổng cục Quản lý thị trường, Bộ Công Thương về tội “lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Kết quả điều tra ban đầu xác định, ông Trần Hùng là người trực tiếp chỉ đạo Cục QLTT Hà Nội và Đội QLTT số 17 tiến hành kiểm tra kho của Công ty Phú Hưng Phát do Cao Thị Minh Thuận làm Giám đốc, phát hiện, thu giữ 27.360 quyển sách thuộc 68 đầu sách giáo khoa giả vào ngày 9/7/2020. Tuy nhiên, sau đó, Nguyễn Duy Hải gặp và nhờ Trần Hùng xử lý nhẹ vụ việc của Thuận.
Sau đó, ông Trần Hùng không chỉ đạo giải quyết vụ việc đối với cấp dưới theo chức năng, nhiệm vụ được giao, dẫn đến Cao Thị Minh Thuận tiếp tục thực hiện các hành vi sản xuất, buôn bán sách giáo khoa giả với số lượng lớn.
Liên quan đến vụ án này, Bộ Công an đã khởi tố 12 đối tượng liên quan.