Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Bộ Y tế) giao cho Nguyễn Huỳnh, Phó trưởng phòng Quản lý giá, Cục Quản lý dược, Bộ Y tế, nguyên Thư ký của Long làm đầu mối liên hệ để giúp Công ty Việt Á; trực tiếp can thiệp và chỉ đạo Nguyễn Huỳnh can thiệp, tác động để được cấp số đăng ký lưu hành, hiệp thương giá...
Theo cáo trạng, do Phan Quốc Việt quen biết với Nguyễn Thanh Long, Nguyễn Huỳnh từ năm 2017 nên khi Công ty Việt Á được tham gia phối hợp nghiên cứu Đề tài của Bộ Khoa học và Công nghệ (KH&CN) thì Phan Quốc Việt đến gặp, nhờ Nguyễn Thanh Long, Nguyễn Huỳnh giúp đỡ để Công ty Việt Á được Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành để sản xuất, tiêu thụ được Test xét nghiệm và được Long, Huỳnh đồng ý.
Nguyễn Thanh Long giao cho Nguyễn Huỳnh làm đầu mối liên hệ để giúp Công ty Việt Á, trực tiếp can thiệp và chỉ đạo Nguyễn Huỳnh can thiệp, tác động để được cấp số đăng ký lưu hành, hiệp thương giá (với giá đã bị nâng khống), không bị rút đăng ký lưu hành sau kiểm tra giá hiệp thương, phân bổ, thanh toán tiền Test xét nghiệm, tiêu thụ Test xét nghiệm trái quy định của pháp luật, giúp Công ty Việt Á biến Test xét nghiệm là sản phẩm Đề tài thuộc sở hữu Nhà nước thành sản phẩm của Công ty Việt Á, được sản xuất, bán thương mại trái phép thu lời bất chính đặc biệt lớn.
Cáo trạng thể hiện, Nguyễn Thanh Long đã chỉ đạo Nguyễn Minh Tuấn, Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị & Công trình y tế (đơn vị đầu mối cấp số đăng ký lưu hành của Bộ Y tế) tạo điều kiện tiếp nhận, kiểm tra, đề xuất cấp số đăng ký lưu hành cho Test xét nghiệm của Công ty Việt Á trái quy định; giao Nguyễn Huỳnh tổng hợp thông tin, tài liệu về Test xét nghiệm của Công ty Việt Á, gửi thông tin từ email Huynhmoh@yahoo.com của Huỳnh đến email Longvaac@gmail.com của Nguyễn Thanh Long và tiếp tục đôn đốc, thúc đẩy Nguyễn Minh Tuấn khẩn trương thực hiện cấp số đăng ký lưu hành cho Test xét nghiệm của Công ty Việt Á.
Long chỉ đạo Nguyễn Minh Tuấn trình ông Nguyễn Trường Sơn, Thứ trưởng Bộ Y tế ký quyết định cấp số đăng ký lưu hành tạm thời Test xét nghiệm Covid-19 cho Công ty Việt Á mặc dù đã được Nguyễn Minh Tuấn và bà Đào Phương Linh (chuyên viên Vụ Trang Thiết bị & Công trình y tế) báo cáo qua trực tiếp và email về sai phạm trong việc cấp số đăng ký lưu hành Test xét nghiệm cho Công ty Việt Á.
Khi Công ty Việt Á đề nghị cấp số lưu hành chính thức, Tuấn tiếp tục báo cáo Long về việc Công ty Việt Á vẫn chưa phải là đối tượng để cấp số lưu hành nhưng Long vẫn chỉ đạo Tuấn đề xuất cấp số đăng ký lưu hành chính thức đối với Test xét nghiệm của Công ty Việt Á.
Nguyễn Thanh Long ký quyết định giao Nguyễn Nam Liên (Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính) và Nguyễn Minh Tuấn đại diện Bộ Y tế thực hiện hiệp thương giá Test xét nghiệm với Công ty Việt Á.
Khi hiệp thương giá, Nguyễn Nam Liên đã báo cáo và Nguyễn Thanh Long đồng ý về việc đại diện Bộ Y tế xác định giá hiệp thương Test xét nghiệm là 470.000 đồng/Test không có căn cứ (giá đã bị Phan Quốc Việt nâng khống), trái quy định tại Điều 10 Thông tư số 56/2014/TT-BTC.
Khi kiểm tra giá hiệp thương, mặc dù được Đoàn kiểm tra báo cáo sai phạm về nguyên vật liệu sản xuất Test xét nghiệm của Công ty Việt Á, có ý kiến đề nghị rút số đăng ký lưu hành nhưng Nguyễn Thanh Long không chỉ đạo xử lý, ban hành kết luận kiểm tra, rút số đăng ký lưu hành, đến nay không ra kết luận kiểm tra, vi phạm Khoản 3 Điều 13 Nghị định 177/2013/NĐ-CP của Chính Phủ. Công ty Việt Á tiếp tục sử dụng giá hiệp thương với Bộ Y tế (đã bị nâng khống) để bán cho các đơn vị, địa phương, thu lợi bất chính.
Ngoài ra, Nguyễn Thanh Long còn tác động để Ngân hàng Nhà nước hỗ trợ, huy động nguồn tài trợ của các Ngân hàng TMCP để thanh toán tiền mua 200.000 Test xét nghiệm cho Công ty Việt Á và chỉ đạo Nguyễn Nam Liên sử dụng nguồn tiền trên để thanh toán tiền cho Công ty Việt Á.
Cáo trạng cũng thể hiện, Nguyễn Thanh Long chỉ đạo Bộ Y tế phân bổ 200.000 Test xét nghiệm cho các đơn vị, địa phương trên cả nước nên các đơn vị, cơ sở y tế biết Test xét nghiệm của Công ty Việt Á là sản phẩm chủ lực được Bộ Y tế sử dụng trong phòng, chống dịch và sẽ liên hệ mua khi có nhu cầu.
Sau đó, giới thiệu với lãnh đạo tỉnh Hải Dương và một số tỉnh, thành phố để Công ty Việt Á tiêu thụ, bán Test xét nghiệm Covid-19.
Tiếp nhận chỉ đạo của Nguyễn Thanh Long, Nguyễn Huỳnh đã thực hiện làm đầu mối liên lạc, trao đổi thông tin giữa Phan Quốc Việt và Nguyễn Thanh Long trong việc giúp Công ty Việt Á được cấp số đăng ký lưu hành, phân bổ, thanh toán tiền Test xét nghiệm, sản xuất và tiêu thụ Test xét nghiệm.
Nguyễn Huỳnh cùng Phan Quốc Việt đến gặp Nguyễn Văn Trịnh nhờ chỉnh sửa văn bản số 465 ngày 04/2/2020 của Bộ Y tế có nội dung "Phân công ông Nguyễn Trường Sơn chỉ đạo các cơ sở y tế trên cả nước liên hệ Công ty Phù Sa để mua sinh phẩm xét nghiệm...”, trong đó xóa bỏ nội dung "liên hệ Công ty Phù Sa", tạo cơ hội cho Công ty Việt Á bán Test xét nghiệm chuẩn bị sản xuất.
Nguyễn Huỳnh giới thiệu Phan Quốc Việt với ông Đặng Đức Anh, Viện trưởng và bà Lê Thị Quỳnh Mai, Phó Viện trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương (NIHE) ban hành kết quả kiểm định Test xét nghiệm làm căn cứ để trình, cấp số đăng ký lưu hành tạm thời trái Nghị định 36 và Nghị định số 169; thúc giục Nguyễn Minh Tuấn và bà Đào Phương Linh (trực tiếp tham mưu, đề xuất cấp số đăng ký lưu hành) đẩy nhanh tiến độ trình cho ông Nguyễn Trường Sơn, Thứ trưởng Bộ Y tế ký Quyết định cấp số lưu hành cho Công ty Việt Á.
Cao trạng thể hiện, Nguyễn Huỳnh trực tiếp thu thập Biên bản đánh giá, nghiệm thu kết quả giai đoạn 1 của Đề tài và Báo cáo của Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương về kết quả đánh giá Test xét nghiệm Covid-19 để Long chỉ đạo Nguyễn Minh Tuấn đề xuất, cấp số đăng ký lưu hành cho Test xét nghiệm của Công ty Việt Á.
Quá trình thực hiện những hành vi trên, Nguyễn Thanh Long đã thông qua Nguyễn Huỳnh gợi ý Phan Quốc Việt đưa tiền. Phan Quốc Việt đã đưa hối lộ 4 lần với tổng số tiền 2,25 triệu USD (tương đương 51.108.500.000 đồng) cho Nguyễn Thanh Long.
Trong đó, 1 lần vào ngày 29/6/2021, Việt trực tiếp đưa cho Long số tiền 50.000 USD tại Phòng khách Quốc tế, Trụ sở Bộ Y tế và 3 lần vào khoảng thời gian từ tháng 12/2020 đến tháng 2/2021 thông qua Nguyễn Huỳnh số tiền 2,2 triệu USD; đưa hối lộ 2 lần vào tháng 1 và 2/2021 với tổng số tiền 4 tỷ đồng cho Nguyễn Huỳnh. Trong đó, Vũ Đình Hiệp đã giúp Phan Quốc Việt chuyển 2 tỷ đồng cho Nguyễn Huỳnh, tuy nhiên Hiệp không biết đây là tiền đưa hối lộ cho Huỳnh.
Như vậy, Nguyễn Thanh Long và Nguyễn Huỳnh đã gợi ý và được Phan Quốc Việt đưa hối lộ tổng số 2,25 triệu USD và 4 tỷ đồng. Trong đó, Nguyễn Thanh Long nhận tổng số 2,25 triệu USD; Nguyễn Huỳnh nhận 4 tỷ đồng để thực hiện nhiều hành vi trái pháp luật theo đề nghị của Việt, giúp Công ty Việt Á xuyên suốt từ việc cấp số đăng ký lưu hành, hiệp thương giá, kiểm tra giá hiệp thương, phân bổ, thanh toán tiền Test xét nghiệm, sản xuất và tiêu thụ Test xét nghiệm, gây thiệt hại số tiền 1.235.597.679.353 đồng, trong đó thiệt hại cho Ngân sách Nhà nước 402.099.316.935 đồng.