Chương trình giám sát và phản biện xã hội (GS-PBXH) vẫn còn gặp nhiều khó khăn, hạn chế dẫn đến chưa thể phát huy tối đa hiệu quả so với mục tiêu đã đề ra. Ở nhiều địa phương còn tồn tại tâm lý ngại chỉ thẳng, nói thẳng; năng lực của cán bộ giám sát chưa đáp ứng được thực tế. Thêm vào đó là cơ chế, các chế tài hoạt động có đôi khi vẫn chưa thông suốt.
Sau hơn 10 năm thực hiện Chương trình giám sát và phản biện xã hội tại Thanh Hóa đã tạo ra những kết quả và hiệu ứng rõ rệt trên tất cả các lĩnh vực kinh tế - xã hội. Vai trò của MTTQ được nâng lên, khối đại đoàn kết toàn dân tộc được xây dựng và củng cố vững mạnh, từ đó tạo động lực giúp chính quyền thực hiện thắng lợi các mục tiêu. Song, để phát huy hết hiệu năng của đề án trong thời kỳ mới, vẫn còn nhiều khó khăn, bất cập cần được tháo gỡ, tạo điều kiện trong thời gian tới.