Sau một thời gian áp dụng với hơn 30 trường ĐH được phép tự chủ, hầu hết các trường đều phát triển mạnh mẽ hơn, đặc biệt là khía cạnh tài chính. Tuy nhiên, đây cũng chính là “nút thắt” gây khó khăn trong việc tự chủ của rất nhiều trường ĐH khác trong tương lai.
Có một thực tế là từ trước tới nay, các trường ĐH hay CĐ trên cả nước đều trực thuộc một cơ quan, tổ chức nào đó. Và tất nhiên, các trường này cũng nhận rất nhiều ưu đãi về cơ sở hạ tầng. Các trường có thể được cơ quan chủ quản cho giao đất xây giảng đường, thư viện hay các công trình tương tự. Vì thế, nếu các trường lập tức tự chủ, nghĩa là dứt hẳn hỏi các mối quan hệ trước đây với cơ quan chủ quản là điều không hợp lý.
Đơn cử như Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam từng có một số bất đồng liên quan đến vấn đề tài chính khi Trường ĐH Tôn Đức Thắng thực hiện cơ chế tự chủ. Chưa nói tới đúng hay sai nhưng nếu xuất phát điểm của Trường ĐH Tôn Đức Thắng không phải là một đơn vị trực thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam thì đơn vị này có được cơ sở vật chất như hiện hữu hay không. Nhiều người cho rằng nếu không trực thuộc một đơn vị nhà nước mà là trường tư nhân thì chắc chắn ĐH Tôn Đức Thắng sẽ khó có được cơ sở vật chất như hiện hữu.
Với các trường ĐH đã và đang chuẩn bị tự chủ, vấn đề tài chính, nhất là tài sản bất động sản cũng là vấn đề đáng lưu tâm. Hiện nay hầu hết các trường đều mong muốn, tự chủ tài chính là dứt hẳn sự kiểm soát của cơ quan chủ quản. Đơn vị tự chủ có thể tự tái đầu tư, tự chi tiêu mà quên rằng, trước khi có được vị thế tự chủ tài chính, các trường ĐH đều dựa vào những giá trị sẵn có hỗ trợ từ cơ quan chủ quản. Ngoài ra, có một vấn đề khá phổ biến là các trường ĐH có nhu cầu tự chủ đều là các trường đang làm ăn “có lãi”. Đây là các trường có được danh tiếng, tuyển sinh nhiều sinh viên. Ngược lại, rất nhiều trường ĐH, CĐ không được như vậy, phải dựa chủ yếu vào cơ quan chủ quản (tức là dự vào ngân sách nhà nước) lại không có nhu cầu tự chủ. Đó là các trường ĐH ít danh tiếng, các trường ĐH địa phương. Nếu tất cả các trường làm ăn có lãi xin được tự chủ còn những trường yếu kém, Nhà nước phải chịu gánh nặng chi phí duy trì thì việc tự chủ ĐH lại là gánh nặng và mất cân đối.
Nên chăng, để tự chủ ĐH là một chính sách công bằng cần có cơ chế bắt buộc các trường, dù có lãi hay thua lỗ về tài chính cũng phải tự chủ mới mang lại sự bình đẳng cho môi trường giáo dục.