Vịnh Hạ Long là một khu vực chịu nhiều sự tác động mạnh nhất từ phía con người như vận tải thuỷ, du lịch, đánh bắt hải sản, khai thác khoáng sản, nước thải… Trong khi đó hệ sinh thái san hô rất nhạy cảm với chất lượng môi trường nước. Chính vì vậy, sự mất dần rạn san hô là một điều khó tránh khỏi nếu như không có các biện pháp giảm thiểu các nguồn ô nhiễm và tác hại đến rạn san hô. Trong những năm qua, tỉnh Ban quản lý vịnh Hạ Long đã có nhiều biện pháp để bảo tồn, phát triển hệ sinh thái san hô cũng như phát huy giá trị đa dạng sinh học của vịnh Hạ Long.
Qua kết quả khảo sát gần đây của Ban quản lý vịnh Hạ Long cho thấy các khu vực đã khoanh vùng bảo tồn và qua khảo sát đều có độ phủ của các rạn san hô tăng rất cao. So với các khu vực tương đương ở phía Bắc trong thời gian hiện nay như Cát Bà, Cô Tô, Bạch Long Vỹ, Hòn Mê thì khu vực vịnh Hạ Long vẫn là nơi có số lượng loài phong phú nhất.
Các rạn san hô tại Vịnh Hạ Long.
Trong cấu trúc thành phần khu hệ, số loài tập trung phần lớn ở 3 họ là Faviidae, Acroporidae, Poritidae, chiếm đến 58,8% tổng số, đặc biệt có một số loài san hô quý hiếm được ghi vào Sách Đỏ IUCN như Acropora microphthalma, Acropora nobilis, Acropora vaughani,…
Bên cạnh việc cắm biển khoanh vùng bảo tồn rạn san hô, Ban Quản lý vịnh Hạ Long còn triển khai nhiều biện pháp quyết liệt, cụ thể nhằm tăng cường công tác bảo vệ môi trường, kiểm soát các hoạt động gây ảnh hưởng tiêu cực đến đa dạng sinh học vịnh Hạ Long nói chung và hệ sinh thái san hô nói riêng.